天然药物研究室隶属于植物化学重点实验室。该室拥有超声细胞粉碎仪、微波提取器、旋转蒸发仪、喷雾干燥机等一系列现代化天然药物的提取分离设备。

对天然药物化学成分的研究室植物化学研究的主要方向之一。几年来，该室先后共承担了教育厅的研究课题 5 项。经过全室研究人员的共同努力，现已完成从贯叶连翘重提取金丝桃素、从葡萄籽中提取花青素、从黄豆渣中提取大豆异黄酮、从桃儿七中提取分离制备高纯鬼臼毒素等工艺研究。在《精细化工》、《中草药》、《中国药学杂志》、《西北大学学报》等刊物上发表论文多篇，引起了社会关注。

天然药物研究室以开发利用秦岭山区的天然药用植物资源、发展区域经济为宗旨，以开发一系列具有经济价值和市场前景的医药中间体为目标，进行天然药物有效成分的提取、分离及纯化工艺研究，形成一批工艺简单、设备投资较小、经济实用的医药中间体的生产工艺。与此同时，开展对具有特殊药用价值的化学成分研究，寻找活性物质，发现新的化合物；探究其结构与活性之间的关系，对天然活性成分进行必要的结构修饰改性，以增强其药效，降低毒负作用。为科学合理利用植物资源，保护环境，提供人民的健康水平做出贡献。